蔡佳芬為高雄市人，先後畢業於新興國中及雄中音樂班。1994年以管樂排名第一的佳績保送國立台灣師範大學音樂學系。1999年獲“美國最偉大的長笛家” Ransom Wilson教授青睞，赴耶魯大學音樂院攻讀長笛碩士。在校期間，除了擔任多場新音樂的首演發表外，亦為長笛助教及院內之鋼琴伴奏。2001年進入紐約市立大學博士班，並於2008年取得音樂藝術博士學位。蔡博士所出版之The Thirty Caprices of Sigfrid Karg-Elert: A Comprehensive Study，為全球第一本針對此作品集深入研究的著作，並獲得相關議題研究學者們極高的評價。
蔡佳芬曾師事呂美馨、洪瑜卿、宋麗曼、劉慧謹、Ransom Wilson、Tara O’Connor等教授。學生時期亦獲得雄中、高雄市及台灣省青少年組音樂比賽長笛獨奏第一名。曾多次獲邀與國內外樂團合作演出協奏曲；包括高雄中學管絃樂團、師大管樂隊與美國波士頓Long Wood管絃樂團等。2001年在耶魯大學Sprague Hall演出蕭泰然先生的作品《湖畔孤影》，引起廣大迴響，Crilly教授讚嘆為“年度最佳演奏”，並要求將此作品收藏在耶魯大學Gilmore音樂圖書館中。蔡佳芬也曾擔任眾多樂團之長笛首席；如：台灣師大管樂隊、臺北市青年管樂團、世紀交響樂團、臺北縣立交響樂團、加拿大CYMC’s Summer Music School Festival Orchestra、Yale Philharmonic、Yale Opera、美國紐約幼獅管絃樂團、美國中美音樂協會管絃樂團、北美菁英交響樂團與華盛頓韓國交響樂團等。
蔡佳芬2008至2010年主要的展演活動如：2009年3月於新舞臺舉之「臺北耶魯校友會－漫步新英格蘭」音樂會。2009年7月於國家演奏廳舉行「2009蔡佳芬長笛獨奏會」；同月於台北愛樂暨梅哲文化館演出「2+1讓您心動的聲音」，10月於臺北懷恩堂演出「週五音樂夜」。2010年5月擔任「2010師大音樂學院教授作品發表會」之全場長笛獨奏，同年7月於國家音樂廳演出「台灣耶魯室內樂團2010音樂會－夏夜狂歡」。8月於國立台灣師範大禮堂之「師大管樂隊校友團創團音樂會」；同月於高雄至善廳與國家演奏廳舉行「2010蔡佳芬長笛獨奏會－法式情話」。
除演奏外，蔡佳芬在音樂學術的領域也持續耕耘。2009年受東和音樂學術研究獎助基金會之邀於臺北、台中、台南及高雄舉辦長笛講座。同年，參與國立台灣師範大學音樂系「南島語族音樂數位博物館II－帛琉計畫」，2010年3月份赴帛琉國家博物館進行音樂文化交流，此計畫並獲選2010年6月份莫斯科IAML研討會之海報展。2010年並於《關渡藝術學刊》第12期中發表論文。
蔡佳芬曾任教於國立師大附中、美國紐約市立大學Queens College、中山大學、文化大學、樹德科技大學、新竹高中與三和國中音樂班，並任教於真理大學與台南科技大學，現任職於國立台灣師範大學音樂學系(所)，並為台北耶魯室內樂團與南台灣室內樂協會團的成員。
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